МВД Эстонии по соображениям государственной безопасности приняло решение не продлевать ВНЖ митрополиту Евгению. Будучи гражданином РФ, он с 2018 года проживает в Эстонии и возглавляет Эстонскую православную церковь Московского патриархата. 6 февраля 2024 года срок действия его текущего ВНЖ истекает.