Россельхознадзор с 15 декабря 2017 года разрешил поставлять в Россию шпроты двум заводам из Латвии и Эстонии. Поставки разрешены латвийской SIA Karavela, которая производит рыбопродукцию и рыбные консервы, и эстонской DGM Shipping AS, которая в основном занимается килькой и сельдью (это одно из крупнейших рыбоперерабатывающих предприятий в Эстонии).

Россельхознадзор регулярно запрещает и снова разрешает поставки рыбных консервов в Россию, причем почти каждый раз это связано с обострением или улучшением отношений между странами. За последние 10 лет самые сильные запреты вводились в 2006-2007 годах (снят в 2008 году) и в 2015-м.

В 2006-2007 годах Россельхознадзор запретил поставки продукции сразу с семи самых крупных латвийских рыбоконсервных заводов, а формальной причиной запрета стало повышенное содержание бензопирена в латвийской продукции. Латвийские производители утверждали, что содержание бензопирена было связано с соблюдением традиционной технологии копчения шпрот на опилках: именно она дает особенности цвета, вкуса и запаха шпрот.

В 2015 году консервы из стран Балтии попали под запрет в связи с введенными Россией продовольственными контрсанкциями (они были установлены годом ранее в ответ на санкции, которые ЕС наложил за аннексию Крыма и участие РФ в конфликте в Донбассе). Сначала рыбные консервы и пресервы не были включены в список санкционных продуктов, в отличие от свежей, замороженной и охлажденной рыбной продукции из Эстонии и Латвии. Но в 2015 году Россельхознадзор заявил ветеринарным службам Латвии и Эстонии "об обеспокоенности, связанной с характером выявленных системных нарушений" в связи с тем же бензопиреном, и запретил поставки рыбных консервов в Россию. Под запрет попали 31 эстонский и 44 латвийских завода.

Одно время продукция из стран Балтии продолжала идти в Россию сначала через Польшу, потом - через Беларусь, и, наконец, через Казахстан, но в итоге все каналы поставок балтийских шпрот в Россию были перекрыты.

В ноябре 2016 года Россельхознадзор намекнул, что может снять запрет на ввоз шпрот из Латвии и Эстонии, и поставки, скорее всего, начнутся после Нового года. "Наши специалисты изучают результаты инспекций прибалтийских предприятий, мы видим, что технология копчения на них рыбы стала более щадящей", - сообщил тогда официальный представитель ведомства Алексей Алексеенко.